כתב העת 'נטועים – בטאון לענייני תורה שבעל פה', החל לראות אור בשנת תשנ"ד בהוצאת 'תבונות' של המכללה האקדמית הרצוג. עד עתה ראו אור עשרים גיליונות של כתב העת. מאמרי כתב העת מתפרסמים בשלב ראשון באתר ההוצאה, ולאחר שמצטברים מספיק מאמרים, הם נאספים יחד ומתפרסמים בגיליון מודפס גם כן. בשלושת הגיליונות הראשונים יוחד כתב העת לחקר המשנה, ואילו מגיליון ד' ואילך הורחבה היריעה לכל מרחבי התורה שבעל פה: משנה ושאר חיבורי התנאים, תלמוד בבלי וירושלמי, הלכה, ספרי ראשונים ואחרונים. חברי המערכת הנוכחית הם: ד"ר אברהם וולפיש, ד"ר עוזיאל פוקס, הרב אליקים קרומביין, ד"ר אברהם שמאע. בעבר כיהן כחבר המערכת ד"ר נח חכם. המאמרים המתפרסמים ב'נטועים' מאושרים אחרי קריאה של חברי המערכת וקוראים חיצוניים מומחים בתחומם. במסגרת כתב העת יזמנו מעת לעת פרויקטים מחקריים: תרגומים של מאמרי מופת לגרמנית, דיון על אודות דרכי הלימוד בישיבות הבריסקאיות ובנותיהן, דיון בדרכי הלימוד הישיבתיים בדורות האחרונים, ההדרה ופרסום של כתבי יד של הקדמונים. נוסף על כך, ככתב העת היוצא במכללה להכשרת מורים, אנו מעודדים פרסום של עבודות מצטיינות של סטודנטים לאחר עיבוד ושיפוט. כתב העת עוסק בנושאים המצויים בסדר היום המחקרי הרווח. במקביל, חלק מן המאמרים עוסקים בממשק שבין העולם התורני לבין העולם האקדמי.