מגדים - ביטאון לענייני מקרא רואה אור מאז שנת תשמ"ו. במהלך שלושים וחמש שנות קיומו יצאו לאור 59 גיליונות. מאמרי כתב העת מתפרסמים בשלב ראשון באתר ההוצאה, ולאחר שמצטברים מספיק מאמרים, הם נאספים יחד ומתפרסמים בגיליון מודפס גם כן. כתב העת מוקדש, כמשתמע משמו, לענייני מקרא בהיבט הרחב של הביטוי: החל במחקרים מקוריים על המקרא גופו, דרך מחקרים העוסקים במסורה ובפרשנות ימי הביניים והעת החדשה וכלה במחקרים הנושקים לריאליה של תקופת המקרא. במערכת הרחבה של כתב העת שותפים חוקרי מקרא חשובים כגון פרופ' אליהו עסיס – מהפקולטה למדעי היהדות באוניברסיטת בר-אילן; פרופ' יוסף עופר – מהמחלקה לתנ"ך באוניברסיטת בר-אילן וחבר האקדמיה ללשון עברית. במערכת המצומצמת של כתב העת יושבים העורכים ד"ר יושי פרג'ון, הרב ד"ר אברהם שמאע, ד"ר יעל ציגלר וד"ר יואב ברזלי (מרכז המערכת). המאמרים המוגשים למערכת עוברים הערכה על ידי אנשי מקצוע בכירים בתחומם, ומדי שנה נדחים עשרות מאמרים המוגשים לכתב העת בגלל הערכות אלו. המאמרים הרואים אור הנם בעלי רמה אקדמית ראויה ותרומה ברורה למחקר המקרא ופרשנותו.